La cofradía de la Mare de Déu dels Innocents i Desemparats tiene sus orígenes a principios del siglo XV, y se fundó para socorrer a los enfermos mentales -los Innocents- y para dar sepultura a los cadáveres abandonados o a los de los ajusticiados -los desemparats-.
La Basílica fue construida en el siglo XVIII en honor a la Virgen y para acoger su imagen y es el primer edificio barroco de nueva planta de Valencia. Este edificio destaca sobre todo por su cúpula oval, decorada completamente al fresco por Antonio Palomino, diseñador también de las pinturas de San Nicolás.
La imagen de la Virgen de los Desamparados goza de gran devoción entre los valencianos y su fiesta se celebra el segundo domingo de mayo, dando inicio cada año a la “escuradeta” (un pequeño mercado de cerámica típica valenciana).